I když jak náhrada mzdy, tak i nemocenské dávky souvisí s pracovní neschopností, jedná se o dvě různé věci s odlišnými podmínkami.
Náhrada mzdy je placena zaměstnavatelem během prvních 14 dní pracovní neschopnosti. Zpravidla pak pouze za 4 až 14 den. První 3 dny nemoci jsou tedy neplacené (s výjimkou případů nějaké infekční choroby, pro kterou lékař nařídí karanténu, pak jsou zaplaceny i první 3 dny).
Na náhradu mzdy od zaměstnavatele pak není nárok v případě, že k zahájení pracovní neschopnosti dojde až po skončení zaměstnání (na nemocenské dávky ale nárok být může – je zde ochranná lhůta 7 dní od ukončení pracovního poměru). Náhrada mzdy se platí za skutečně neodpracované hodiny (směny)
Nemocenské dávky vyplácí ČSSZ na základě nemocenského pojištění. Nemocenské dávky jsou placeny až od 15 dne v pracovní neschopnosti (maximálně pak po dobu 380 dní). Nemocenské dávky se platí za kalendářní dny.